El neologismo fue introducido por F.K. Brown en el año 1998: “La quimioinformática es la mezcla de aquellos recursos informáticos para transformar datos en información e información en conocimiento, con el propósito hacer más rápidas mejores decisiones en el ámbito de la identificación de los fármacos cabeza de serie (o de molécula inicial) y la optimización de fármacos.” El término fue registrado en el año 2006 por la Academia Europea.