Almacenamiento y Recuperación.- La aplicación principal de quimioinformática está en el almacenamiento de la información relativa a los compuestos.

Representación in silico.- De estructuras químicas utiliza formatos especializados tales como el XML basado en lenguaje de marcado de productos químicos o SMILES.

Estructura-actividad cuantitativas (QSAR).- Este es el cálculo de los valores, que se utiliza para predecir la actividad de los compuestos de sus estructuras.

Cribado Virtual.- En contraste con la investigación del alto-rendimiento de procesamiento , cribado virtual implica cómputo de cribado in silico bibliotecas de compuestos, por medio de diversos métodos, tales como de acoplamiento , para identificar a los miembros puedan poseer propiedades deseadas, como la actividad biológica frente a un objetivo determinado.

Laboratorios virtuales en química (ChemLab).- Requiere equipos y procedimientos,para realizar experimentos de laboratorio.

Virtual Laboratory.- Herramienta útil para enseñar soluciones molares, obtener con exactitud soluciones Buffer, identificar ácidos y bases con indicadores.

Bibliotecas Virtuales.- Pueden generar de varias maneras para explorar el espacio químico y la hipótesis de nuevos compuestos con propiedades deseadas.